Die Lungenszintigraphie läuft in zwei Teilen ab. Zunächst wird die Belüftungs-Szintigraphie und danach die Durchblutungs-Szintigraphie durchgeführt. Die Bilder werden als SPECT-Aufnahmen – einem Schnittbildverfahren – durchgeführt. Soll gleichzeitig das Vorliegen einer tiefen Venenthrombose abgeklärt werden, kann die Lungenperfusions-Szintigraphie – ohne zusätzliche Strahlenbelastung – auch nach einer Nuklidphlebographie durchgeführt werden.